在工業污水處理中，氮肥廢水主要要去除的指標為COD與氨氮，由于氮肥廢水的C/N低，有機物的可生化性好，氨氮廢水濃度相對比一般工業污水高，同時含有一定氰化物、硫化物等有害抑制微生物的物質，處理難度大，導致脫氮效果不是很好。

目前在工業污水處理中氮肥廢水可以采用物化法與生物法進行處理。物化法有著投資少、操作簡單、處理效果穩定等優點，在氨氮廢水處理中有著一定的地位，但其成本較生物處理法高、容易產生二次污染物的缺點阻止了該方法普及的腳步。生物法則有通過厭氧和好氧兩種處理方式進行處理，主要的除氨氮的工藝有傳統的硝化反硝化法、氧化溝法、SBR法、接觸氧化法等；還有新型的脫氮工藝如厭氧氨氮化法、短程硝化法、異養硝化法、好氧反硝化法等，以及以生物法為主要處理部分，與物化法結合的各種聯合工藝。

在工業污水處理中的氨氮廢水中不僅僅含有COD及氨氮、總氮，還有總酚等不易于生物降解物或者對生物有抑制作用的污染物，當廢水進入生化處理單元時，微生物的對污染物的處理能力變差，就會致使出水的水質未達到理想的要求等不利影響。然而在工業污水處理中，工業企業會選擇相對經濟上占有優勢的生物法，而針對總酚以及不易于生物降解與對生物抑制污染物不做檢測與應對措施，致使后續生化處理效果未達到所需的標準。

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