蛋白飲料主要是各類乳制品飲料以及植物蛋白飲料，包括鮮奶、酸奶等，蛋白飲料在生產過程中會產生大量清洗廢水，含有大量蛋白質；雖然市面上蛋白飲料多種多樣，但是其廢水性質都很相似，是較易被生物利用的一種廢水，因此蛋白飲料廢水處理方法主要以生物法為主。

蛋白飲料廢水中含有有機物、蛋白質、糖類、酸堿等，不含有重金屬等有毒有害物質，COD可以達到2000mg/L。

蛋白飲料廢水處理難點有兩個：高蛋白含量，高有機物含量；因此處理重點放在氮和有機物兩個基本指標上，目前國內外普遍采取的脫氮、除碳方法中，應用廣泛的當屬生物處理法，生物處理的作用機理包含有機碳的同化作用、有機氮氨化作用、無機氮的硝化和反硝化作用，微生物在廢水中攝取所需物質供自身生長和代謝，水中氮和有機物等物質可以同時參與微生物體內的生命活動，經過碳循環和氮循環最終大部分氮和有機物被降解為CO2、H2O2、N2甚至是CH4，少部分以細胞形式留在生物體內，形成活性污泥，多余活性污泥經過沉淀或者過濾等方法從水中分離處理，從而實現凈化的目的。

蛋白飲料廢水處理在進行生物處理時，需要滿足微生物的生長規律及所需物質組分比例的合理性。雖然微生物本身有抗沖擊能力，但是超過一定的范圍還是會引起生化系統不穩定的問題，引起不穩定的因素通常與企業排水有關，排水時間較集中，水質濃度變化大都是造成系統產生不穩定的原因，因此企業控制廢水的產生、排放尤其重要。當穩定控制在活菌數多、代謝產物多的時期，廢水的處理效果好。

除了生物法之外，還需要根據不同企業蛋白飲料廢水的水質特點，輔以其他處理措施，如以及處理（預處理），確保水質滿足生化處理系統的要求，例如高濃度廢水和特殊的蛋白飲料廢水。根據蛋白飲料廢水處理后的去向選擇是否需要進行深度處理，深度處理的合理性工藝等等針對性措施。

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