制藥廢水首先經格柵，去除其中較大的漂浮物，以保證后續構筑物和設備的正常運行。然后通過提升泵進入水解酸化調節池，均和水質和水量，并降解一部分CODcr和色度。固體物質降解為溶解性物質，大分子物質降解為小分子物質。然后自流進入生物接觸氧化池，在這里污水進行好氧生化反應，在生物接觸氧化池內安裝半軟性填料通過曝氣，采用液下曝氣機進行充氧和攪拌，使有機污染物降解完成制藥工業廢水處理。在進入沉淀前加入藥劑使脫落的生物膜和細小懸浮物在沉淀池中沉淀。蕞后經過活性炭過濾去除水中殘余色度和有機物，從而達標排放。

廢水流經附著在魔物體上的生物膜來處理廢水的方法為生物膜法。這種處理方法是使細菌和原生動物、后生動物一類的微生物在濾料或某些載體上生長、繁育，形成膜狀生物性污泥——生物膜。通過與廢水的接觸，生物膜上的微生物攝取廢水中的有機污染物作為營養，使廢水得以凈化。生物魔法是廢水處理的另一種方法，通過選擇合適的載體，可提高處理能力，生物膜法包括生物接觸氧化法、生物轉盤法、生物過濾法和地埋式生物接觸氧化法。

生物膜處理法的各種工藝，對流入原廢水水質、水量的變化都具有較強的適應性，這種現象已為多數運行的實際設備所證實，即使中斷進水，對生物膜的凈化功能也不會造成致命的影響，通水后能夠較快的予以恢復。

生物接觸氧化法在池內設有填料，部分微生物以生物膜的形式附著生長于填料表面，部分則是絮狀懸浮生長于水中。因此，

它兼有活性污泥法與生物濾池二者的特點。生物接觸氧化中微生物所需的氧通過人工曝氣供給。生物膜生長至一定厚度后，近填料壁的微生物將由于缺氧而進行厭氧代謝，產生的氣體及曝氣形成的沖刷作用會造成生物膜的脫落，并促進新生膜的生長，形成生物膜的新陳代謝，脫落的生物膜將隨出水流出池外。

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