在自然界中，大部分的微生物不但可以氧化分解有機物，而且還能轉化部分有毒有害物質。這些有毒有害物質本身對微生物的生存可能會有一定程度的毒害作用，但組成這些物質的元素，有些是微生物的自身生長所需的，因此，它們具有兩重性，要通過對其濃度的控制，使其成為微生物所需的養料，供微生物生長所用。生物處理就是利用微生物能夠分解氧化有機物這一功能，采取相應的人工措施，創造出有利于微生物生長繁殖的環境，使得微生物可以大量增殖，以提高其分解氧化有機物效率的一種污水處理方法。

微生物經過馴化培養之后，可以用來處理工業廢水。生物處理法與傳統的物理化學工藝相比，較大的優勢在于在運行處理的過程中，微生物自身能不斷增殖，不需要投加化學藥劑，從而能減少化學試劑的成本和人工成本。

一般來說，微生物去除有機物凈化水質的過程可以分為兩步:第一步將有機物大分子變成小分子；第二步，分離沉淀。其優點為污泥量小，二次污染少；微生物來源廣泛、容易培養、繁殖很快、對環境的適應性較強、且容易變異等，在工程實際生產時需要在一定條件下進行馴化培養過微生物自身的新陳代謝作用，使微生物逐漸適應有毒工業廢水的水質條件，進而通過微生物自身的新陳代謝作用，使得有機物無機化，有毒物質無害化。

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